导以大义灭亲，可以吾为安东时节假之。 (《晋书·王导传》)
正是因为王导这种大义灭亲的高尚情怀，才让他受到了东晋朝野上下的一致尊重，才让他成为东晋初年德高望重的三朝元佐。晋明帝司马绍即位后，野心不断膨胀的王敦，发动了第二次叛乱。
晋明帝司马绍，在有晋一代，绝对算得上是一代英主，《晋书》中评价他“帝聪明有机断，尤精物理。......虽享国日浅，而规模弘远矣。”晋明帝文武双全，英武睿智，帝王天资一览无遗，《晋书·卷六·帝纪第六》记载：“性至孝，有文武才略，钦贤爱客，雅好文辞。......又习武艺，善抚将士。”
早在晋明帝当太子的时候，他与王敦，就一直势如水火。王敦认为，太子司马绍神武明略，不像他爹晋元帝，将来必是自己的心头大患。因此，王敦便诬陷太子不孝，欲将其废黜，在大会百官时，厉声质问中庶子温峤：“皇太子以何德称？”面对王敦的盛气凌人，温峤不卑不亢，回答道：“钩深致远，盖非浅局所量。以礼观之，可称为孝矣。”群臣都很信服此话，王敦自知理亏，只好作罢。
王敦第二次起兵作乱，晋明帝当然不能坐视乱臣贼子，祸乱大晋江山。因此，明帝积极部署平乱。太宁二年(324年)，王敦再次起兵，攻打建康，但是，此时王敦的健康指数，已经在直线下降，不久，五十九岁的一代权臣王敦，病逝于军中。
王敦死后，晋明帝迅速平定了祸乱晋室两代的“王敦之乱”。而王敦本人，也遭到了开棺戮尸的惩处，《晋书·王敦传》是这样记载的：
有司议曰：“王敦滔天作逆，有无君之心，宜依崔杼、王浚故事，剖棺戮尸，以彰元恶。”于是发瘗出尸，焚其衣冠，跽而刑之。敦、充首同日悬于南桁，观者莫不称庆。
在晋明帝平定“王敦之乱”的过程中，王导自然站在晋朝皇室阵营的这一边，积极支持明帝平叛。所以，王敦之乱平息后，整个琅琊王氏一族，并未受到牵连，而王导继续被明帝委以重任。
晋明帝平定王敦之乱后，王导被进封为始兴郡公，食邑三千户，赐绢九千匹，并且进位太保，司徒如故。同时，晋明帝还赐予了王导三项特权：剑履上朝、入朝不趋、赞拜不名，这是古代权臣才有的政治特权。然而，王导却坚决辞受，他始终认为自己是晋臣，不该有非分之想。
太宁三年(325年)，晋明帝临终之际，遗命王导与外戚庾亮、丹阳尹温峤、尚书令卞壸、车骑将军郗鉴等人，共为辅政大臣，辅政幼帝司马衍，即后来的晋成帝。这样一来，王导真的成为了晋室德高望重的三朝元老。
晋成帝对王导也以长辈待之，相当尊敬。王导是国之柱石，辅政了自己的祖父元帝、父亲明帝两代帝王，连祖父都要尊称王导一声“仲父”，更何况是自己。成帝每次在给王导的手诏中，经常会出现“惶恐言”、“顿首”、“敬白”登字眼，以表示对王导的尊敬。晋成帝也曾亲临王宅，以堂堂一国之君的大晋天子之尊，亲拜王导之妻曹氏。
咸康四年(338年)，王导授予中外大都督，进封太傅，不久又被拜为丞相。朝廷依照汉代官制，罢去司徒一职，朝廷之权尽归丞相。此刻的王导，真可谓是位极人臣，一人之下，万人之上。然而，功业无穷，年寿难永，此时的王导，也已经走到了人生的尽头。
咸康五年(339年)，王导病故，享年六十四岁，走完了他传奇的一生。王导去世，满朝悲恸，成帝下令，满朝为王导举哀三日，派遣大鸿胪，持节监办丧事，一切丧礼礼仪，全部按照西汉霍光和西晋安平献王司马孚的先例来办。王导下葬时，朝廷“给九游辒辌车、黄屋左纛、前后羽葆鼓吹、武贲班剑百人”，场面相当排场。王导死后，追谥“文献”，晋成帝在追谥王导的册书中，高度评价了王导的一生：
盖高位以酬明德，厚爵以答懋勋；至乎阖棺标迹，莫尚号谥，风流百代，于是乎在。惟公迈达冲虚，玄鉴劭邈；夷淡以约其心，体仁以流其惠；栖迟务外，则名隽中夏，应期濯缨，则潜算独运。昔我中宗、肃祖之基中兴也，下惟委诚而策定江东，拱己宅心而庶绩咸熙。故能威之所振，寇虐改心，化之所鼓，梼机易质；调阴阳之和，通彝伦之纪，辽陇承风，丹穴景附。隆高世之功，复宣武之绩，旧物不失，公协其猷。若乃荷负顾命，保朕冲人，遭遇艰圮，夷险委顺；拯其沦坠而济之以道，挟其颓倾而弘之以仁，经纬三朝而蕴道弥旷。方赖高谟，以穆四海，昊天不吊，奄忽薨殂，朕用震恸于心。虽有殷之殒保衡，有周之丧二南，曷谕兹怀！今遣使持节、谒者仆射任瞻锡谥曰文献，祠以太牢。魂而有灵，嘉兹荣宠！
这样的结局，对于王导而言，可谓生荣死哀。王导的一生，用两个字进行定位：晋臣。他不是一个权力欲望极强的臣子，而是要做一个辅佐明君圣主，成就伟业的贤臣，正因如此，他辅佐了元帝、明帝、成帝三代帝王。
尽管位极人臣，尽管历征三朝，王导依旧一如既往地恪守臣节，不仅保住了自己